Acestea apar în cursul bolii și identificarea precoce este importantă, întru- cât unele pot avea un potențial de evoluție nefavorabil.
- Fibroza hepatică progresivă: este un proces care se desfășoară lent în CSP însă trebuie efectuat un screening al altor factori care pot determina fibroză hepatică și care pot fi preveniți și tratați (hepatitele virale, steatoza hepatică alcoolică/non-alcoolică)

- Colangita bacteriană: Reprezintă inflamația ductelor biliare și a lichidului biliar. Este o complicație cu potențial sever și care se manifestă prin febră, frison, dureri abdominale. Tratamentul este antibiotic și episoadele repetate au un prognostic nefavorabil

- Litiaza veziculară: Apare mai frecvent decât în populația generală și se manifestă prin dureri abdominale, greață, vârsâturi. Tratamentul este chirurgical.

​

Complicații neoplazice:

- Polipii de veziculă biliară: adesea sunt asimptomatici însă dacă sunt crescuți în dimensiune peste 8mm se recomandă colecistectomia întrucât au potențial malign
- Stenozele biliare semnificative: sunt frecvent diagnosticate și pot accentua simptomatologia. Trebuie atent evaluate și monitorizate pentru a exclude apariția neoplaziilor

- Colangiocarcinomul: Pacienții cu CSP au un risc de până la 200 de ori mai mare decât populația generală și un risc de 20% la 30 de ani de a dezvolta acest tip de cancer, cu origine în celula biliară. Se manifestă prin agresivitate cu simptomatologie accentuată, dureri abdominale, prurit (mâncărimi), scădere ponderală. Tratamentul este prin chimioterapie sau chirurgical.

​

Complicații maligne intestinale

- Cancerul colorectal: Pacienții cu CSP au un risc de cancer colorectal de 10 ori mai mare comparativ cu populația generală, mai frecvent la cei care asociază o boala inflamatorie intestinală. De aceea se recomandă screeningul colonoscopic periodic.

Complicații nutriționale

Datorită perturbării secreției de bilă, pacienții prezintă un risc mai mare de malnutriție și deficite de vitamine liposolubile (A,D,E), cu posibilitatea apariției bolii osoase metabolice.